Para proteger directorios en Apache lo primero que tenemos que hacer es editar nuestro fichero de configuración (apache2.conf, httpd.conf, o el de nuestro host virtual)

Buscamos la línea en la que se hace referencia a nuestro directorio local y cambiamos el parámetro AllowOverride None por AllowOverride All.

<Directory /var/www/>
Options Indexes FollowSymLinks MultiViews
AllowOverride All

Order allow,deny
allow from all
</Directory>

Reiniciamos el Apache. Una vez hecho esto tenemos que crear un fichero llamado .htaccess en el directorio que queremos proteger por contraseña con el siguiente contenido:

AuthType Basic
AuthName privado
AuthUserFile /etc/htpasswords
Require user miusuario

El parámetro Require user especifica que usuario o usuarios (separados por espacios) tendrán acceso al directorio.

Para crear el fichero con las contraseñas ejecutamos el siguiente comando:

htpasswd -c /etc/htpasswords miusuario

Una vez hecho esto al intentar acceder al directorio desde el navegador nos mostrará una ventana para que autentiquemos.