Para personalizar la caja de búsqueda en Drupal 6 hay que añadir la siguiente función en el fichero template.php

function nombretema_preprocess_search_theme_form(&$vars, $hook) {
// Para cambiar el texto antes del input de búsqueda
$vars['form']['search_theme_form']['#title'] = t('');

// Valor por defecto del input
$vars['form']['search_theme_form']['#value'] = t('');

// Añadir una clase por defecto a la caja de búsqueda
$vars['form']['search_theme_form']['#attributes'] = array('class' => t('cleardefault'));

// Texto del submit de búsqueda
$vars['form']['submit']['#value'] = t('Ir');

unset($vars['form']['search_theme_form']['#printed']);
$vars['search']['search_theme_form'] = drupal_render($vars['form']['search_theme_form']);

unset($vars['form']['submit']['#printed']);
$vars['search']['submit'] = drupal_render($vars['form']['submit']);

$vars['search_form'] = implode($vars['search']);
}