Si estas recibiendo error Bad Gateway en un script que existe y tiene los permisos correctos con nginx seguramente sea porque requiere más buffer del que viene activado por defecto en Nginx, para modificarlo si utilizas fastcgi bastaría añadir estas lineas al fichero del host de nginx dentro de location ~ \.php$ {

fastcgi_buffers 8 16k;
fastcgi_buffer_size 32k;